尖锐湿疣应与以下疾病相互鉴别：
1、扁平湿疣 是二期梅毒的一种皮损表现。发生在外阴肛门部位，呈浸润性的扁平隆起斑块或丘疹，表面灰白较多分泌物，其底宽广，不痛不痒。取分泌物暗视野反省可找到螺旋体，梅毒血清学检测阳性。
2、冠状沟珍珠样丘疹 发生于男性冠状沟的一种良性上皮增生。皮疹渺小呈珍珠状或半球形，半透明，表面光滑发亮，均匀排列，无自觉症状，长光阴不增大不发展，无沾染性。临床上约有10%的男性有本病，一般无需治疗。
3、女性假性湿疣 又称绒毛状小阴唇。为一种良性乳头瘤，常见于青年女性。皮疹特性是双小阴唇内侧对称性（偶有不对称）鱼卵状或丝状增生性改变，均匀分布，无自觉症状或有微痒不适。长光阴不增大不发展，无沾染性。
4、沾染性软疣 由沾染性软疣病毒所引起。皮损特性为半球状隆起的丘疹，表面光滑有蜡样光泽，中央脐窝状，成熟的皮损可从中央挤出凝乳状的软疣小体。有沾染性。
5、系带旁腺增生 发生于男性的阴茎系带两侧，为对称单个芝麻大或针尖大丘疹，粉红色，无自觉症状，长光阴不增大。
6、皮脂腺增生和异位 为皮脂腺的异常发育和增生。多见于女性大小阴唇、男性包皮，包括阴茎或阴阜部位，皮损为芝麻大或米粒大的淡黄色结节丘疹，群集分布，不交融，无自觉症状。
7、生殖器鲍湿样丘疹病 本病在病理上很像鳞状细胞原位癌（鲍湿病），发病与HPV16HPV18感染有关。皮损为紫色或棕红色丘疹或斑块，单个或多个，无自觉症状或微痒。病理活检可确诊。
尖锐湿疣的传播途径：
分直接沾染和间接沾染两种
直接沾染即：性交、口交、肛交、手淫等性行为沾染占97%
间接沾染 ：指通过偶然的时机接触了HPV病毒，导致感染。一般不会超过3%。如内裤、坐便器、浴巾、浴盆、被子等感染
另婴幼儿尖锐湿疣可通过产道沾染，或出生后与患病母密切切接触而感染。
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