精囊结核的病理上大多数病人两侧同时或先后发病。结核结节多始成于前列腺导管、精囊腺管壁或射精管部位，然后逐渐向整个腺体播散。前列腺增大，但通常不超过正常的2倍，整个前列腺的病理变化不一致，有时整个前列腺都存在严重病变，有时局限于某一叶。前列腺结核早期为卡他性病变，血管周围可见小而密的结核结节，黏膜下病变进一步发展可使腺体上皮破坏，形成结核肉芽肿，纤维化形成坚硬的肿块，也可发生干酪样坏死，，坏死物质液化后形成冷脓肿或坏死组织自前列腺管排出而形成空洞，若冷脓肿溃破至前列腺周围组织，可向会阴、膀胱、尿道或直肠部位破溃形成窦道。精囊结核结节常形成坚硬的纤维肿块，使精囊变硬，形成多个结核结节，严重者也可发生干酪样坏死，溃破形成窦道。